怀孕三个月肚子疼可能的原因有很多，包括生理性的肚子疼，产科或妇科疾病引起的肚子疼，还有可能是其他系统的疾病，应该及时就诊进行排查，并采取相应的治疗措施。首先是生理性的腹痛，因为随着怀孕后子宫逐渐变大，体内激素也出现了变化，这些因素都可能会导致肚子疼，这种情况一般会在三个月后有所缓解。其次要考虑产科或妇科疾病，比如常见的宫外孕、先兆流产、子宫肌瘤等，这些情况需要到妇产科进行诊治，必要时终止妊娠。还有一种可能就是其他疾病引起的肚子疼，与怀孕没有关系，比如肠胃炎、阑尾炎、胰腺炎等，这些情况也不能忽视，确诊后及时进行治疗。