治疗时应用抗生素滴眼液结膜炎的种类比较多。比如细菌性结膜炎是由于结膜组织感染了细菌引起的，治疗时应用抗生素滴眼液，比如左氧氟沙星滴眼液，妥布霉素滴眼液，在晚间需要用红霉素眼膏涂眼。而病毒性结膜炎是由于结膜组织被病毒感染引起的，治疗时主要应用抗病毒的药物，比如阿昔洛韦滴眼液，更昔洛韦眼用凝胶等等。过敏性结膜炎是由于结膜组织被过敏原所侵犯，从而引起的一种过敏反应，在治疗时可以应用色甘酸钠滴眼液，氮卓斯汀滴眼液等等，来进行治疗。