肛瘘的治疗只有一种就是手术治疗，只不过是手术的方式不同而已，因为肛瘘可以分为低位肛瘘和高位肛瘘，还可以分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘，这样就决定了麻醉的方式和手术的方式是不同的。当然，现在肛瘘也有些新的进展，包括一些新型的材料，内口的结扎术，内口的一些材料的堵塞术等等，但是都是不可靠的。在临床上，还都是采用传统的手术治疗，低位肛瘘可以在局麻下单纯的瘘管切除手术，如果是复杂性的肛瘘，就需要肛瘘及其坏死组织的切除，和肛门直肠窝的挂线术。