男生小便尿道刺痛的原因如下：一、如果患者还出现了尿频、尿急的症状，可能为慢性前列腺炎疾病所引起。主要为过度手淫、长期久坐、长期吸烟饮酒等因素所导致，需要进行前列腺液常规等检查确诊，然后口服前列康、坦索罗辛缓释胶囊等药物进行治疗，治疗周期为1~2个月；二、如果尿道刺痛还伴有尿道烧灼感以及尿道分泌物增多，可能为尿道炎所引起，通常为不良的性接触所引起，需要进行分泌物涂片培养，确定致病菌的类型，使用相应抗生素类药物治疗。