阴茎根部皮肤有毛囊炎通常是因为细菌感染引起，主要是金黄色葡萄球菌，所以可在局部涂抹红霉素软膏或者莫匹罗星软膏。当病情较为严重时还要口服青霉素或者头孢类抗生素。但最好去医院进行药敏实验，选择最为敏感的抗生素进行治疗，另外还可以配合红外线和紫外线等物理疗法。如果局部出现化脓现象，应该通过手术切开引流。平时还要加强下体的卫生，预防细菌入侵。