中医治疗肛瘘可以通过中药口服，也可以通过中药熏洗，可以控制感染，减轻症状，控制病情的发展，但是不能够彻底的根除此病。如果想彻底的治愈肛瘘，应当积极的行手术治疗，可以口服一些中药比如托里消毒散，起到托里透毒的作用。应用青蒿鳖甲汤，起到养阴清热的作用，还可以口服补中益气丸，增强机体的免疫力，控制肛瘘的症状。平时保持肛周清洁，经常用中药进行熏洗，可以起到清热解毒、清气活血、消肿止痛的作用。药物加水煮沸，先熏后洗，常用的药物有五倍子汤、苦参汤或止痛如神汤。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。