导致生殖器射精后疼痛的原因有多种，例如手淫、泌尿系感染、性生活频繁等等，具体如下：1、手淫。若患者频繁手淫，容易出现生殖功能障碍，引发早泄阳痿等现象，在生殖器射精后可能还会出现疼痛的感觉。2、泌尿系感染。如果患者泌尿系受到病菌感染，没有得到及时治疗，容易引发炎症。在正常的性生活中，射精后也会出现生殖器疼痛的现象。3、性生活频繁。性生活频繁容易导致生殖器官充血或局部痉挛，从而导致射精后出现疼痛的症状。