男性在射精后出现疼痛的原因有以下几种：一、男性患有精阜炎或精囊炎，疼痛的同时伴有精液内有血性物质出现血精，日常生活中会阴区、尿道可能伴有不适感或者胀痛。二、考虑是男性尿道受到感染引起的射精后的疼痛，例如尿道粘膜溃烂、急性尿道炎，需要通过尿道镜或者尿常规检查进行确诊。三、考虑男性精囊内存在结石或肿瘤，在结石或肿瘤的刺激下，精囊发生損伤。因此射精时有疼痛感，疼痛的同时还伴有血精。需要通过精囊彩超或者核磁共振来检查，进一步明确诊断。建议男性在日常生活中要做好个人生殖器官的卫生，保持局部清洁、干燥，出现射精疼痛后要及时的就医，避免延误病情及治疗。