一旦发生有肛瘘的话，患者最好是选用手术的方法来进行治疗，才能够达到通畅引流和尽可能的去除病灶的目的，以此来减少括约肌的损伤，保护肛门括约肌的功能。如果患者因为某种原因暂时不能够立即手术治疗的话，可以采用药物来暂时缓解疼痛等症状，建议患者可以外用一些中药药液熏洗坐浴的方式，或者是采用1:5000高锰酸钾温水坐浴的方式，配合一些外用的抗菌软膏来进行治疗。如果出现全身感染的症状，还应该遵医嘱使用抗生素类的药物来抗感染。