男性小便时生殖器痛可能是尿道炎，尿道炎症需根据不同的病因需要选择不同的药物治疗，一般来说都是选用合理的抗生素治疗即可。尿道炎根据感染的细菌大致可分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎，淋菌性尿道炎是由淋球菌感染泌尿道而引起的炎症，通常表现为尿频、尿痛、尿道口红肿伴脓性分泌物等，治疗主要是抗菌药物治疗，选择青霉素或头孢曲松，连用阿奇霉素可治疗可能存在的其他感染；非淋菌性尿道炎主要是由沙眼衣原体和解脲衣原体感染引起的炎症，治疗也主要是抗菌药物为主，比如多西环素、米诺环素、阿奇霉素、克拉霉素等，症状较重时可以注射给药。尿道炎是常见的性传播疾病，可并发附睾炎、前列腺炎等多种疾病，为了缩短病程，加快治愈，提高疗效，防止并发症发生，对有条件者施治前应做病原体培养及药物敏感试验，并根据培养结果选用敏感性高的药物予以及时、足量、规则治疗。无条件者则应通过更换抗生素种类、改变用药方法、延长疗程、加大剂量或联合用药等有效途径来达到治愈的目的。