男性患者小便的时候出现尿道内刺痛，则可能的原因：1、泌尿系统感染。尤其是急性尿道炎的时候，可能会出现排尿刺痛的症状。同时可能伴有尿频、尿急或者小腹胀痛等不适，严重时可能会出现肉眼血尿或者发烧的症状。建议留取尿常规，证实存在感染，则可以口服左氧氟沙星胶囊一粒，每日三次，或者口服头孢克肟胶囊一粒，每日两次，连续口服一周，观察症状改善情况。2、泌尿系统结石。当存在泌尿系统结石的时候，出现排石时，也可出现小便刺痛。但刺痛通常为一过性，有时排尿可见黑色或者棕色样的颗粒样沉淀物。同时，可能伴有尿频、尿急和血尿。建议行泌尿系统B超检查，证实是否存在结石。如有结石，则必要时体外冲击波碎石，或者可以口服尿石通丸一包，每日三次，连续口服3-5天，观察症状改善情况。