治疗肛瘘，可以应用药物治疗，还可以行手术，通过药物治疗可以控制感染，减轻症状，但是不能够彻底治愈，可以口服一些中药，比如青蒿鳖甲汤，起到养阴清热的作用。肛瘘合并感染后还可以应用广谱抗生素治疗，还可以应用抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑、替硝唑进行治疗。如果想彻底根除此病，应当积极的行手术治疗，根据肛瘘瘘管位置的高低不同，选择不同的手术方式，如果患者得了低位肛瘘，可以行肛瘘切除术，切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合。如果患者得了高位肛瘘，可以切开挂线治疗，利用橡皮筋机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。