射精后肾疼的主要原因可能是患者出现精囊炎、前列腺炎或尿道炎等炎症感染，导致射精后出现腰部的牵扯疼痛。也有可能是动作幅度过大，导致腰肌劳损，或者由泌尿系统结石增生引起。患者出现射精后肾疼，主要是指腰痛，男性长期频繁手淫或性生活频率过高，容易导致人体肾气亏虚，出现类似症状。若进行性生活时间过长，性生活时动作幅度过大，可引起腰椎关节紊乱，出现射精后肾区疼痛。部分患者也有可能是进行性生活时导致结石活动引起疼痛。