男生小便尿道刺痛，应该采取下列处理措施：首先，患者应该去泌尿外科就诊，通过尿常规检查以及泌尿系B超等项目检查，分析患者具体病情。其次，如果是结石病变导致尿道刺痛，应该结合结石所处位置以及大小，采取药物排石或者手术排石方案。最后，如果是泌尿系感染病变，应该确诊致病菌，然后采取抗炎、抗病毒药物治疗，促进患者病情消退。无论采取哪种治疗措施，患者都应该多喝水，增加排尿量，能够促进患者病情恢复。同时注意生活习惯调整，降低上述病变复发几率。