射精后阴茎疼可能是以下因素所导致：1、男性存在包皮龟头炎，或者前列腺炎等疾病，性生活时可能会导致感染加重，性生活后会出现阴茎疼痛的症状。2、男性在日常性生活过于频繁，并且性生活时间过久，可能会导致海绵体出现不适，感觉在射精后就会出现疼痛，应当控制性生活频率。3、男性存在包茎、系带过短等解剖结构畸形，性生活后也会出现阴茎疼痛的症状。