包皮过长射精疼痛有以下方法进行治疗：1、手术的治疗。如果是因为包皮过长导致的射精疼痛，可以采取包皮环切手术，这样才能够从根本上解决问题，包皮过长得到了解决，射精就不会疼痛了。2、药物的治疗。如果出现疼痛比较明显，可以选择药物去痛片或者是吲哚美辛治疗，这样能够缓解疼痛。3、一般治疗。不要穿过紧的衣服，减少局部的挤压。在性生活的时候，可以将包皮慢慢向上翻动，不让龟头完全的包裹住，这样就不容易出现疼痛了。建议患者在治疗期间，每天可以用稀释过的高锰酸钾液体清洗局部，这样能够杀菌消炎。