鼻咽癌的病因目前还没有完全明确。目前认为鼻咽癌是一种多基因遗传的病，多个基因之间和基因与环境之间的交互作用引起了鼻咽癌，同时研究发现EB病毒感染患者鼻咽癌明显高发，其病毒感染指数与预后关系密切，因此鼻咽癌的发病与EB病毒感染密切相关。同时研究发现鼻咽癌与生活习惯也有明显的关系，平时多吃腌制品、泡菜及抽烟、喝酒比较多的人鼻咽癌发病偏高，同时微量元素稀释了过少，也会诱发鼻咽癌。另外鼻咽癌的发病与遗传因素也有一定的关系，因此改变不良的生活习惯，脱离含锂元素多的地区，对鼻咽癌的有一定的预防作用。