男性生殖器小便时疼痛，说明尿道有炎症，应该检查到底是包皮龟头炎，还是尿道口炎，还是尿道发炎。应该在医生的指导下进行检查，包括检查尿常规、检查尿道口是否有流脓、包皮是否红肿、龟头是否有红色的斑丘疹样改变、包皮龟头是否有膜状物。要根据具体情况具体分析，最常见的尿道感染，口服左氧氟沙星，每天2次，每次0.2克。如果是包皮龟头炎，翻开包皮，洗干净可以有效的改善患者的症状。