如果患者经常的肛瘘，应当积极的行手术治疗，术前通过CT或磁共振检查，明确瘘管走向以及内口的位置，正确的寻找内口，将感染源一并切除，这是治疗肛瘘的关键。另外还应当减少肛门括约肌的损伤，防止出现肛门失禁。根据肛瘘瘘管位置的高低不同，选择不同的手术方式，可以行肛瘘切除术，切开瘘管，并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合，适用于低位肛瘘的治疗。如果肛瘘瘘管位置比较高，可以行高位肛瘘切开挂线治疗，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘，防止出现肛门失禁。