中医治疗肛瘘一般以外治为主，内治法多用于手术前后，以增强体质，减轻症状，控制炎症发展。外治有挂线疗法、切开疗法、切开与挂线疗法相结合三种。内治便虚证和实证进行治疗。实证一般局部可扪到硬索状物，外口呈凸形，脓水较稠厚，或伴有口干、发热、便秘、小便赤，舌苔黄、脉弦数，治疗清热利湿，用二妙散、萆薢渗湿汤加减。虚证:局部无硬索状物可扪得，外口呈凹形，疮口为潜行性，脓水稀薄，伴有虚热、盗汗，舌淡红、脉细数，治疗养阴清热，用青蒿鳖甲汤加减。