小便时尿道刺痛是泌尿系统常见症状。男生小便时尿道刺痛的治疗，主要有以下几个方面：一，如果是一般细菌感染引起的尿道炎，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌等，首先进行尿液细菌培养加药敏试验，如果细菌培养阳性，则根据药敏结果选用敏感抗生素进行治疗，疗程1到2周。二，如果是由淋球菌感染引起的淋菌性尿道炎，则首选青霉素类、头孢类抗生素进行治疗。如果是支原体、衣原体感染引起的非淋菌性尿道炎，则首选大环内酯类、四环素类抗生素进行治疗。三，患者要大量喝水，勤排尿，忌酒，忌辣，一般要避免熬夜、久坐等。四，还可以口服一些清热解毒的中成药，如热淋清、银花泌炎灵等。