真菌球型的鼻窦炎可以采用鼻窦开放、真菌球的清除治疗方式，病人会得到很快的痊愈。对于侵袭性真菌性鼻窦炎，在开放鼻窦清除局部的真菌的同时，还要给予病人全身的抗真菌治疗以保护那些没有受到真菌侵犯的器官。对于变异性真菌性鼻窦炎，通常可以采用鼻窦开放以及手术切除的方式来改善病人的鼻腔通气引流，继而给予病人抗变态反应治疗，使病人达到逐渐痊愈的目的。临床上将真菌性鼻窦炎分为真菌球型的鼻窦炎、侵袭性真菌的鼻窦炎和变异性真菌性鼻窦炎，通常会采取不同的治疗方式来治疗这些疾病。