真菌感染的治疗需要根据感染部位、病原菌种类选择用药。浅表部感染治疗，首选局部使用抗真菌药物，如唑类药物，克霉唑、酮康唑和咪康唑霜剂等抗真菌药物。深部真菌病和系统性真菌病，根据侵犯不同系统和药敏情况选择不同的药物。深部真菌感染，一旦形成感染灶除药物治疗外，尚需根据病情指征进行外科手术治疗，如肺部脓肿、结节、心内膜炎、心瓣膜赘生物等。在应用抗真菌药物的同时，先积极治疗原发病或可能存在的基础疾病。