中医治疗肛瘘可以控制感染，减轻症状，控制病情的发展，但不能够彻底的治愈。可以口服青蒿鳖甲汤，起到养阴清热的作用，还可以应用一些中成药物治疗，常用的有黄柏胶囊、补中益气丸。还可以应用中药进行肛周坐浴或熏洗，可以起到清热解毒、消肿止痛的作用。药物加水煮沸，先熏后洗，常用的药物有五倍子汤、苦参汤和或止痛如神汤。如果想彻底的根除肛瘘，还应当积极的行手术治疗，可以行肛瘘切除术，适用于低位肛瘘的治疗。还可以行高位肛瘘切开挂线治疗，利用橡皮筋机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。