小三阳难以彻底治愈、清除肝细胞内的病毒，但病情可以得到有效的控制。部分小三阳患者血液内不能查到乙肝病毒DNA，肝功能正常，肝脏病理检查无明显的炎症，并且上述状态可长期保持。这种情况即可是在自然情况下发生，也可在抗乙肝病毒的情况下发生。但在肝细胞内仍可检测到乙肝病毒CCCDNA，极少部分会出现表面抗体阳性。部分小三阳血液内仍可有低水平的乙肝病毒DNA，肝功能有异常，这时需要抗乙肝病毒治疗。核苷类药物有恩替卡韦、替诺福韦、丙酚替诺福韦等，可使血液内病毒转阴，肝功能恢复正常，但停药后病情容易出现反复。