二者在住院报销方面有所差别：

(一)一档缴费的，在实施基本药物制度的一级医院发生的住院医疗费用按80%支付(基本药物按90%支付)，在未实施基本药物制度的医院住院的按60%支付;二级医院按58%支付;三级医院按45%支付。

(二)二档缴费的，一级医院按85%支付(基本药物按90%支付)，二级医院按70%支付，三级医院按60%支付。