胃食管反流病常用的药物有胃粘膜保护剂，常用的是铝碳酸镁，硫糖铝，铋剂，这些药物通过增强内源性的作用，如能增强粘膜的抵抗力，更有利于修复病变的黏膜，铝碳酸镁只作用于病灶部位，不吸收入血，可以持续阻止胆酸和胃蛋白酶对胃的损伤，并且能够迅速的中和胃酸，并可增强胃粘膜保护因子的作用。另一类药物是促动力药，增加胃肠的动力，同时就可以减少反流的发生，减轻胃食管反流病的症状，常用的促动力剂西沙必利，莫沙必利，伊托必利等等，另外抑酸剂，严重的反流性食管炎如果不及时治愈，可能会引起食管黏膜和食管壁纤维化，进一步减弱食管的动力，从而加重反流，在目前临床上应用抑酸剂仍然是治疗胃食管反流病的重要手段，一般选择质子泵抑制剂，如奥美拉唑，泮托拉唑等等。