牙周病是指发生在牙周支持组织上的各种疾病，牙菌斑是始动因子。目前有关牙菌斑生物膜治病的学说包括非特异性菌斑学说，特异性菌斑学说，菌群失调学说。比较受大众认可的是菌群失调学说，一般认为牙周病是一组由不同病因引起的疾病，某些类型的牙周病是由外源性的特异治病菌感染所致。而另一类型的，可能是由于内源性的口腔正常菌群比例失调或者是某些细菌过度增殖而成为机会性致病菌所致。除了始动因子，口腔局部以及全身疾病也与牙周病的发生有关，像免疫、遗传、以及感染，很多的因素都可能与牙周病的发生相关。