腘窝囊肿可采取穿刺抽取或手术的方式进行治疗，无有效的药物治疗。1、在彩超的引导之下，通过空针穿刺到腘窝囊肿之内，将腘窝囊肿里面的胶冻样物质完全抽吸出来，然后再通过针管将可吸收线埋入其中。可吸收线在里面刺激会引起无菌性炎症病灶，逐渐的囊肿囊壁会贴附在一起，能够有助于腘窝囊肿的消除，但是会存在复发的可能。2、开放性手术。麻醉之后切开皮肤以及皮下组织，剥离肌肉，找到腘窝囊肿的位置，然后把腘窝囊肿的囊壁、里面的胶冻样物质完整剥离出来，再缝合肌肉、皮下组织和皮肤，这种手术治疗创伤比较大一些，并且花费较高。