指甲盖上有小坑的原因有很多。1、可能是由于营养不良引起的，当指甲营养不良时会导致指甲变薄，而且还会出现变形，易碎的症状，也会产生较多的条纹状，这种情况需要及时进行治疗。2、也可能是真菌或细菌感染引起的，比如灰指甲，当出现灰指甲之后也会产生这种症状，同时也有可能是出现了其他的疾病，比如银屑病等，需要进行具体的检查。出现疾病之后需要观察身体情况，如果是由于营养不良引起可以进行饮食调养，或者在医生的指导下配合服用药物来进行治疗。