肛门发炎一般可以使用碘伏溶液或者是莫匹罗星软膏，或者是红霉素软膏等，但是药物的使用都需要在医生的指导下来进行。如果局部感染较严重，还需要使用抗生素进行口服或者是输液，常用的药物有头孢类抗生素或者是青霉素类抗生素等，例如头孢氨苄、头孢呋辛、头孢他啶。有时还需要使用抗厌氧菌药物，例如甲硝唑、奥硝唑。如果局部发炎较严重，已经形成脓腔，就需要进行手术治疗，可以在连续硬膜外麻醉下，或者是骶管麻醉下进行肛周脓肿的切开，并且给予规律换药。