肺炎支原体感染的病程具有自限性，多数病例可不经治疗而自愈，但是在肺炎支原体感染的早期使用适当的抗生素可减轻患者的临床症状、缩短病程。首选大环内酯类抗生素，如红霉素、罗红霉素和阿齐霉素。对大环内酯不敏感者则可选用呼吸氟喹诺酮类，如左氧氟沙星、莫西沙星等，四环素类也用于肺炎支原体肺炎的治疗。疗程一般2-3周，因肺炎支原体无细胞壁，青霉素或头孢菌素等抗生素无效。对剧烈咳嗽者，应适当给予镇咳药。若合并细菌感染，可根据病原学检查，选用针对性的抗生素治疗。