自来水在经过水厂的处理和消毒后，通常是安全的，不会含有致病菌和细菌。水厂通常使用多种方法来处理自来水，包括过滤、沉淀、消毒和加氯等，以确保水质的安全性。

然而，自来水管道系统可能存在一些问题，例如老旧的管道、损坏的管道或者管道维护不当等，这些问题可能导致细菌和其他有害物质进入自来水系统中。因此，自来水在经过管道输送后，可能会被污染，从而含有细菌。

为了确保自来水的安全性，建议在使用自来水前，先进行煮沸或者使用滤水器等方法进行处理。同时，定期清洗自来水管道和水龙头等设备，也可以有效地减少细菌的污染。