官网暂时没有原生ROM提供，可能后续会推出。魅族Pro6搭载了基于Android 6、0深度定制的Flyme 5、2操作界面，很庆幸这版系统并没有如当初PRO 5那样，硬件发布了之后还得等系统的适配，从5、1到5、2。还加入了3D Press压感屏交互，从体验来看，像应用商店、设置、日历等大部分的系统应用都支持压感屏缩略显示。魅族在发布会上宣称已经适配了20多款第三方应用。