肠镜检查主要用于诊断结肠和直肠的疾病，包括内镜下治疗。肠镜检查可以检查出很多的疾病，包括非肿瘤性疾病和肿瘤性疾病。大肠的非肿瘤性疾病包括溃疡性结肠炎、肠结核、伪膜性肠炎、阿米巴肠炎、肠伤寒、放射性肠炎以及大肠的血管畸形。肿瘤性疾病包括大肠息肉、大肠癌以及大肠淋巴瘤等。一般来说如果出现了原因不明的腹痛、腹胀、消瘦、贫血等这样的症状，我们会考虑给患者做肠镜检查。一些肠道症状比如便血、腹泻、粘液便或者是便秘，也会应用到肠镜的检查。另外转移性腺癌寻找原发病灶者、溃疡性结肠炎的诊断与随访的患者、做止血息肉摘除治疗的患者通常也会应用到相关的检查。