单磷酸阿糖腺苷属于抗病毒药物，它可以与病毒的脱氧核糖核酸聚合酶结合，使其活性降低从而抑制了DNA合成。单磷酸阿糖腺苷进入细胞后，经过磷酸化生成阿糖腺苷二磷酸和阿糖腺苷三磷酸，抗病毒活性主要是由阿糖腺苷三磷酸引起，阿糖腺苷三磷酸与脱氧腺苷三磷酸竞争的结合到病毒身上，从而抑制了酶的活性及病毒DNA的合成，同时还能抑制病毒DNA末端脱氧核苷酰转移酶的活性，从而抑制了病毒DNA的继续合成。因此，此药可以用于治疗疱疹病毒感染所致的口炎、皮炎、脑炎及巨细胞病毒感染，在手足口病即儿童水痘方面也有一定的疗效。