指甲盖上有小坑很可能是因为甲母质的损伤原因造成，也可能跟营养不良或者是微量元素缺乏有很大的关系。如果出现了肾脏疾病的话，也可能会对疾病造成一定的影响。可以到医院做一下相关的检查来进行判断，平时一定要注意饮食均衡，多吃一些富含维生素和一些含钙量比较高的食物，多进行一些功能性的体育锻炼，来增强自身的免疫力。