病毒角膜炎容易复发，有三分之一的患者在原发感染两年内出现复发，可口服阿昔洛韦四百毫克，一天两次，持续一年，可减少病毒性角膜炎的复发率。控制诱因对于降低复发率也很重要。病毒性角膜炎整体的治疗原则为抑制病毒在角膜内的复制，减轻炎症反应引起的角膜损害。不同类型的病毒性角膜炎的亚型、治疗重点又有差异，上皮性角膜炎是由于病毒在上皮细胞内复制、增殖，破坏细胞功能引起，因而必须给予有效地抗病毒药物，抑制病毒活力，控制病情。机制性角膜炎以机体的免疫炎症反应为止，因此除抗病毒外，抗炎治疗更为重要。内皮性角膜炎的治疗方案在给予抗病毒、抗炎治疗的同时，还应该积极采取保护角膜内皮细胞功能的治疗措施。神经营养性角膜病变多出现在恢复期，其治疗和神经麻痹性角膜溃疡相同。