指甲盖上有小坑原因比较多，主要考虑是由于人体的钙元素缺乏引起的。因为在人体缺钙时容易导致指甲出现凹凸不平、有横纹等一些情况的出现，所以积极补钙能缓解指甲上有小坑这个现象。还可能是蛋白质缺乏导致的，患者在饮食上不但应多吃含钙的食物，同时还应补充蛋白质。因为在人体蛋白质缺乏时，也会导致指甲凹凸不平。另外，银屑病、湿疹、甲部扁平苔癣还有一些炎症性的疾病，也会导致指甲上出现凹点。