龟头处病毒疣可以选择具有抗病毒作用药物，常用的比如重组人干扰素α2b凝胶；还可以选择具有调节免疫作用的药膏，比如5%咪喹莫特乳膏。口服药物方面，可以口服增强免疫力药物，比如转移因子胶囊、胸腺肽肠溶片等。临床使用较多的是物理治疗，包括液氮冷冻、电灼烧以及二氧化碳激光治疗等。另外还可以选择光动力治疗。