从疗效方面，甲硝唑抗厌氧菌和原虫的疗效较好，奥硝锉的单剂量疗效高于甲硝唑。甲硝唑的消化道不良反应比奥硝锉常见并且较重，甲硝挫有神经系统反应而奥硝锉没有。甲硝唑主要用于阴道滴虫病，肠道，肝及组织内阿米巴病以及其他原虫感染，多种厌氧菌感染，术前预防用药，幽门螺杆菌所致的胃窦炎，消化性溃疡，皮肤病痤疮等。奥硝锉用于多种厌氧菌感染，局部或者系统感染，术前预防用药以及术后厌氧菌感染，肠道以及肝组织内阿米巴病。