病原体主要侵犯呼吸道、肺部的传染病，可以引起呼吸困难，如甲型H1N1流感、人感染高致病性禽流感H7N9、严重的新型冠状病毒肺炎、SARS冠状病毒引起的急性呼吸窘迫综合征，也叫做传染性非典型肺炎，支原体、衣原体、军团菌感染引起的重症肺炎，肺炭疽、肺结核、结核性胸膜炎、肺鼠疫、喉白喉和水痘、麻疹引起的重症肺炎。此外，其它传染病引起的肺部严重受累，也可引起呼吸困难，如肾综合征出血热少尿期继发的肺水肿，传染性单核细胞增多症引起咽喉部严重病变时，均会引起呼吸困难。