屁股眼胀疼首先就是明确诊断以后，通过药物治疗或者是进行手术的治疗。屁股眼胀疼，首先就是进行肛门局部的检查，一般通过肛门的望诊、肛门的指诊、肛门镜的检查，就可以初步的判断。1、如果是由于直肠炎、肛窦发炎等因素所引起，主要就是通过药物进行治疗。可以使用中药进行保留灌肠，还可以同时口服抗生素药物进行对症治疗。2、如果屁股眼胀疼是由于肛管直肠间隙的脓肿，或者是直肠黏膜下脓肿等感染性质疾病所引起，要及早地通过手术的方法进行治疗。在手术之后也一定要多休息，按时换药，促进伤口的愈合。