太阳穴两边疼痛，主要考虑是以下原因所引起的：第一，颞下颌关节紊乱。发病时会出现太阳穴两边疼痛、张嘴或吃东西的时候，症状会加重；第二，颅内肿瘤。发病时会出现太阳穴两边头痛，并伴有恶心、呕吐、视力下降、听力下降、肢体感觉和运动功能障碍等。发病后通过颅内核磁共振检查，明确诊断；第三，偏头痛。发病时会出现一侧，或双侧太阳穴搏动性疼痛。