甲状腺囊肿切除术后对身体的影响较小，一般甲状腺囊肿位于甲状腺单侧，囊肿较小。均为良性切除后对甲状腺功能的影响较小，唯一对患者身体有影响的可能为手术，在颈部会有一个横切口，会造成颈部的不适。有年龄感或者吞咽不适，此种情况，通过理疗可以完全的缓解。较大的甲状腺囊肿切除术后可能伴随着甲状腺切除范围较大，术后产生甲减的情况。如果出现甲减需要口服甲状腺素片，补充外源性甲状腺素。腺囊肿，如果直径超过两公分，是需要手术切除的，一般较小的囊肿可长期随访观察。