子宫颈腺囊肿，绝大多数情况下是，子宫颈的生理性变化。子宫颈转化区内，鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮，覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口堵塞，导致腺体分泌物，引流受阻，潴留形成囊肿。子宫颈局部损伤，或子宫颈慢性炎症使腺管口狭窄，也可导致子宫颈腺囊肿形成。子宫颈腺囊肿，通常不需要处理，但深部的子宫颈腺囊肿，子宫颈表面无异常，表现为子宫颈肥大，应与子宫颈腺癌鉴别。