支原体对抗生素的耐药较为普遍，针对于支原体感染，临床要根据支原体培养及药物敏感试验，寻求最敏感的抗生素。可用于治疗支原体感染的抗生素，包括喹诺酮类、四环素类、大环内酯类以及其他一些抗生素。四环素类是治疗人形支原体和解脲支原体感染的首选药物。由于支原体没有细胞壁，临床不应选择作用为抑制细胞壁合成的抗生素，比如磺胺类、利福平等。