治疗肛瘘，可以应用中药以及西药治疗，通过药物能够控制感染，减轻症状，控制病情的发展，但是药物不能够彻底的治愈肛瘘，如果想彻底的治愈此病，还需要行手术治疗。可以口服中药，比如托里消毒饮，起到托离透毒的作用，还可以口服青蒿鳖甲汤，起到养阴清热的作用，还可以应用补中益气丸，提高机体的免疫力，减轻肛瘘的症状。如果肛瘘瘘管引流不通畅，脓液积聚，继发感染，还可以应用一些西药治疗，应用针对革兰阴性菌的抗生素或广谱抗生素，还可以应用抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑或替硝唑等。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。