急性胃肠炎常因细菌感染、病毒感染，以及物理、化学因素所致。细菌感染，临床常以沙门菌属或副溶血弧菌、金黄色葡萄球菌感染最常见，如吃了被污染的鱼肉、感染嗜盐菌的海产品，以及被污染的剩菜剩饭等而诱发本病。病毒感染也是急性胃肠炎的常见的病因，常见的病毒有诺如病毒、轮状病毒，好发于秋冬季节，儿童较为常见。在物理化学因素当中，主要是由于进食生冷食物或者是某些药物，如水杨酸盐类、磺胺类、某些抗生素等，或误服一些强酸、强碱及农药等引起本病。