肛瘘最好的治疗方法仍然是手术治疗，因为肛瘘疾病比较特殊，在非手术治疗情况下，基本上不可能自愈，也就是说，非手术治疗也许能够减轻肛瘘发作时的症状，也能够减少肛瘘发作的频次，但是到最后仍然无法彻底治愈肛瘘。仍然会反反复复发作，肛瘘经久不愈，所以说手术治疗是对肛瘘最好的治疗方法，当然也并不是说手术之后再不复发。手术的方式有很多，比如说肛瘘切开术，肛瘘切除术，还有比较经典的肛瘘挂线术，现在临床上比较流行做括约肌间肛瘘结扎术，手术效果都不错。